小西天尕咪寺院始建于公元1355年，其创始人是由西藏琼波地方来的云游高僧仁青坚赞喇嘛。小西天圣山雄踞于岷江源头弓杠岭山脉，海拔4050米，以她独特的风景和迷人的传说而闻名遐迩。尕咪寺就座落在小西天圣山脚下。

       据《夏豆嘎恰》记载，元至正十五年(1355年)，仁青坚赞喇嘛路过此处，见地势开阔，呈凹形，南面缓坡，牧草丰美，西临岷江，并且看见在圣山四周的茂密森林中有许许多多令人惊异的奇石异洞和历代许多著名本教高僧留在修行洞、神泉旁、悬崖上、巨树上等处的神迹。尤其是圣山前的雍仲坡上下的岩石上，天然显现的大小不一，造型有异有同的天然本教教徽“卍”（雍仲符号）和藏文字母“阿”字，大师惊叹不止，道：“如此仙界别无二处，‘三宝’伟业将在此地大兴 ”，于是欣然在此建寺，取名尕咪寺。“尕”意为欢欣，“米”意为安静的处所。又因此地称为小西天，连起来故称“小西天尕咪寺”。传说在修建寺院的过程中，出现了许多奇异的自然现象，如：昼长夜短；建寺的僧俗民众不觉劳累；常有一曲优美的音乐徐徐飘然而至；良辰吉日，鲜艳的彩虹呈“卍”字形，挂在建寺的山坡上，颇为有趣。当地人民称小西天圣山为“雍仲本几尼日钦波雄夏豆”。“雄”方位词，意为北方，即指圣山在古城松潘的北方。“夏豆”指鸟坟。雄夏豆意为北方鸟的坟地。自元朝本教大师降帕钦波开启圣山灵光后，四面八方的飞禽到了它们垂暮之年，都会不远万里的飞到小西天圣山来归息。又传说每逢12年轮回世界的轴心转至鸟年，整个藏域的神山神灵，本教3百年60位的神袛以及世界禽鸟之王，都汇聚于此。在这年朝拜神山，就会增加12倍的慈善功德，洗清这世轮回中所造的罪孽。这一年，所有来自人世间各地的菩萨和神灵都会在此居住。

       据《夏豆嘎恰》记载：“鸟坟归西之地，其势惊叹。正视如一座祭天的宝塔，侧看似一只待飞的鹏鸟，背后像一尊汇集七政宝物的神龛”。这座享誉海内外的大圣山，雄伟姿势令人景仰，被世世代代松潘草地（旧称，包括青海省的果洛，甘肃省的甘南，阿坝州的大部分地区）藏族人民尊为朝拜的圣地，又载“圣山内外汇集了人间的奇珍异宝”。新中国成立以后，经科学工作者勘测，圣山周围蕴藏着丰富的金、银、铜、铁、锂等许多矿物资源。

       几百年来，尕咪寺经过历史的风风雨雨见证了本教的兴衰，尤其在佛教斗争中，一度被毁，力量有所削弱。1947年，根据漳腊地区的藏民百姓的要求，把林坡寺、山巴寺、郎依寺（也称：对河寺）、元坝寺、尕咪寺五座小寺集中起来在今日的尕咪寺址上建立一座五寺共有的主寺，全年重要的宗教活动统一由五寺一起在圣山下举行。经寺院代表及各个部落首领的共同商议，将原建在雍仲崖与圣山主峰间的尕咪寺迁至今日我们所看见的寺址上方，为“德巴扎仓”。广场中央为五寺共有的小西天尕咪寺，其余各寺分别形成学制学科且有各自特点的郎依扎仓（扎仓为学院，相当于专业系）、姜仓扎仓（山巴寺）、日普扎仓（林坡寺）、佐仓各（元坝寺），并规定从日普扎仓开始，轮流主持每年的佛事活动，为期一年。此规定一直延续到中华民国末年。

       解放前夕，小西天尕咪寺共有僧人1520人，其中喇嘛4人。新中国成立后，小西天尕咪寺作为松洲地区规模大、影响远、寺僧最多的寺庙，被列为县人民政府允许保留开展佛事活动场所的全县五座寺庙之一。到“文化大革命”时期，寺院惨遭覆亡命运。一夜之间，经堂阁楼被毁，金银佛器，珍贵经典文物散失殆尽。时值1978年十一届三中全会以后，小西天尕咪寺成为松潘县人民政府发文首先开放，进行佛事活动的寺院之一。尕咪寺再度开放后，新修一座经堂，漳腊一带的僧俗民众在此活动，后来经各地僧众的广泛要求，其他各扎仓相继开放并各自善修经堂。

      尕咪寺虽然是安多藏区著名的本教寺院，地位崇高，但是较之藏传佛教其他教派的著名大寺，其规模却显得较小。它的建筑面积有6万余平方米，由前、后两座经堂、禅房、转经廊及100多个僧舍组成。其中经堂建筑面积为889平方米，皆位于寺院中心位置。二经堂前后相距约30米。位前的经堂俗称“大殿”，是新建的漳腊地区五座本教小寺共同举行最高活动的场所；位后的经堂俗称“后殿”，通常是德巴扎仓举行佛事活动的场所。大小经堂琉璃金顶，光彩豪华。经堂之外不远处错落有致的分布着大大小小的僧舍。整个寺院气势非凡，庄严肃穆。据统计，尕咪寺总共有房屋92幢、金顶13个、铜制菩萨1200多尊、银制菩萨37尊、木雕菩萨20尊、唐卡75幅、喇嘛灵塔5座、酥油灯3000盏、手推式传经筒1530多个、藏有各种经书2650余卷。